Aktivnosti Hrvatskog udruženja slatkovodnih ekologa proizlaze iz zadanih ciljeva i programa rada. Članovi udruženja uključeni su u brojne znanstvene, istraživačke i edukativne projekte koji imaju za cilj unapređenje ekologije, slatkovodnih znanosti i struke, očuvanje i zaštitu voda, vodenih, priobalnih i okolnih staništa te vodnih organizama i biološke raznolikosti te sudjeluju u organizaciji i održavanju domaćih i međunarodnih skupova i radionica u svrhu širenja znanja o slatkim vodama. Također u svom radu HUSEk surađuje s Biološkim odsjekom Prirodoslovno-matematičkog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, matičnom kućom za prirodoslovlje u Republici Hrvatskoj – Hrvatskim prirodoslovnim muzejom kao i s odgojno-obrazovnim institucijama.

U svrhu ostvarenja svojih ciljeva HUSEk obavlja sljedeće djelatnosti:

• Potiče i obavlja istraživačke djelatnosti u području ekologije i znanosti o slatkim vodama
• Tiska i distribuira publikacije (promotivne, popularne, stručne ili znanstvene) u skladu s posebnim zakonskim propisima
• Pokreće i obavlja edukativne, stručne i znanstvene projekte s ciljem unapređenja ekologije, slatkovodnih znanosti i struke, očuvanja i zaštite voda, vodenih, priobalnih i okolnih staništa te vodnih organizama i biološke raznolikosti
• Organizira radionice u svrhu širenja znanja o slatkim vodama i o stručnom radu vezanom uz istraživanje slatkih voda i ekologiju
• Sudjeluje u organizaciji i održavanju domaćih i međunarodnih skupova, seminara, izložaba i sličnih sadržaja na temu ekologije i slatkih voda
• Surađuje i sudjeluje u akcijama i programima sa sličnim organizacijama u Republici Hrvatskoj i u svijetu
• Promiče struku u sredstvima javnog priopćavanja
• Surađuje i razmjenjuje informacije s odgojno-obrazovnim institucijama te matičnom kućom za prirodoslovlje u republici hrvatskoj – hrvatskim prirodoslovnim muzejom
• Organizira stručne izlete i putovanja
• Obavlja ostale djelatnosti potrebne za ostvarivanje ciljeva Društva.